มีระบบการปกครองหลายแบบ ปัญหาปัจจุบันที่ทำให้การปกครองประเทศในกลุ่มนี้ยังไม่พัฒนานักคือการนำหลักเคร่งครัดของคัมภีร์ในศาสนาอิสลามมาใช้ในการปกครองบ้านเมือง ในกลุ่มประเทศกำลังพัฒนาของทวีปแอฟริกามีระบบการปกครองหลายแบบเป็นต้นว่าระบอบสาธารณรัฐ เช่น กาบอง เคนยา ระบบทหาร เช่น กานา ไนจีเรีย บางประเทศเช่น เอธิโอเปีย ใช้ระบอบคอมมิวนิสต์ในการปกครอง ส่วนที่แตกต่างอย่างเห็นได้ชัด คือลิเบีย เพราะเป็นการปกครองแบบสังคมนิยมอาหรับอิสลาม บางประเทศยังอยู่ในระหว่างการเปลี่ยนแปลง
เช่น ประเทศแอลจีเรียซึ่งในระยะแรกมีการปกครอบแบบสังคมนิยม แต่มีพรรคการเมือง เพียงพรรคเดียว แต่ปัจจุบันนี้มีรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ยกเลิกนโยบายสังคมนิยมและเปิดโอกาสให้มีพรรคการเมืองหลายพรรคขึ้น

          ปัญหาที่ทำให้การปกครองในกลุ่มนี้ยังไม่พัฒนานักคือการนำหลักเคร่งครัดของคัมภีร์ในศาสนาอิสลามที่เรียกว่า ชาริยะ มาใช้กับการปกครองบ้านเมือง ทำให้เกิดการต่อต้านจากคนที่นับถือศาสนาอื่น

หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 สิ้ดสุดลง ประเทศในทวีปแอฟริกาต่างก็ได้รับเอกราชปกครองตนเองเพิ่มขึ้นอยู่เรื่อยๆ จนในปัจจุบันมีประเทศที่เป็นเอกราชในทวีปแอฟริกามากกว่า 40 ประเทศ แต่ประเทศเหล่านี้ก็ยังประสบปัญหาการขาดความมั่นคงทางด้านการเมืองการปกครอง ซึ่งมีสาเหตมาจากขาดความชำนาญทางด้านการปกครอง ทั้งนี้ เพราะประเทศเอกราชเหล่านั้นเคยถูกชาวยุโรปปกครองมาโดยตลอด ไม่ได้มีส่วนร่วมในการปกครองแต่อย่างใด เมื่อได้รับเอกราชและต้องมาปกครองตนเอง จึงขาดบุคลากรที่มีความชำนาญด้านนี้ ทำให้การบริหารงานของรัฐบาลมักจะประสบปัญหา
ความแตกต่างทางด้านเชื้อชาติ สังคมและวัฒนธรรม เพราะประเทศแอฟริกาประกอบด้วยชนเผ่าต่างๆ ที่มีลักษณะทางสังคมและวัฒนธรรมที่แตกต่างกัน ทำให้ยากแก่การรวมตัวเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน การพัฒนาประเทศจึงเป็นไปได้ยาก

          การแทรกแซงของประเทศมหาอำนาจตะวันตกในอดีต ทั้งโลกฝ่ายเสรีและฝ่ายคอมมิวนิสต์ นอกจากเพื่อต้องการใช้ดินแดนแอฟริกาเป็นแหล่งวัตถุดิบ และเป็นตลาดระบายสินค้าของตนแล้ว ยังต้องการใช้เป็นเครื่องถ่วงดุลอำนาจทางการเมือง การทหารของทั้ง 2 ฝ่ายอีกด้วยปัญหาเศรษฐกิจจากความยากจน การขาดแคลนอาหาร รัฐบาลไม่สามารถจะแก้ปัญหาเหล่านี้ได้ก่อให้เกิดความไม่พอใจแก่ประชาชนโดยทั่วไป